Capitan Harlock è l'unico uomo rimasto ad opporsi alla corrotta Coalizione Gaia e a cercare di impedire l'estensione del suo dominio all'intero mondo intergalattico. Deciso a vendicarsi contro coloro che hanno fatto del male sia a lui che a tutto il genere umano, il misterioso pirata dello spazio erra nell'universo sulla sua astronave da guerra, l'Arcadia, attaccando spavaldamente e saccheggiando le navi nemiche. Il capo della flotta di Gaia, Ezra, manda suo fratello minore Logan ad infiltrarsi sull'Arcadia per uccidere Harlock. Ma Logan scoprirà presto che le cose non sempre sono come sembrano, e che dietro la nascita di una leggenda c'è sempre una ragione valida. Harlock guida la sua leale ciurma in una rischiosissima missione: disfare i “nodi del tempo” e riportare la Terra ad un'epoca in cui era ancora abitata dall'uomo. E' l'anno 2977 e 500 miliardi di esseri umani dispersi nell'universo desiderano ardentemente fare ritorno a quel pianeta che ancora sentono come la propria casa. Il ribelle Harlock e la sua truppa fidata sono la sola speranza per il genere umano di poter un giorno raddrizzare tutti i torti subiti dalla Coalizione.