Ambientata ai giorni nostri, la storia parla di Miharu Rokujou, uno studente
apatico che desidera soltanto vivere una normale vita ed ereditare il ristorante
di Okonomiyaki di sua nonna. All'inizio il suo più grande problema è la costante
e pressante richiesta del compagno Kouichi Aizawa e del professore Durandal
Tohbari Kumohira di entrare come membro del club di Nindō (lett. "Via del
Ninja"). Miharu non vuole avere nulla a che fare coi presunti "ninja" ed evita i
due ogni volta. Ben presto però viene attaccato da un gruppo di veri ninja, in
sua protezione intervengono Kouichi e Kumohira, a loro volta veri shinobi. In
questa situazione Miharu apprende dell'esistenza del mondo nascosto dei ninja,
Nabari, e il ruolo del suo compagno di scuola e del suo professore in quel
mondo, e dell'Arte segreta che è dentro il suo corpo, lo Shinrabanshō.
Quest'arte, che consiste nella conoscenza di tutte le cose del mondo, è la più
ambita nel mondo di Nabari. Sarà questo motivo a non permettere a Miharu di
ritornare alla sua vita normale e costringerlo a trovare un ruolo nel mondo di
Nabari per sopravvivere.